Agahnim ist ein böser Zauberer, der seinen ersten Auftritt in A Link to the Past hatte. Dort ist er die rechte Hand Ganons. Damit dieser aus der Schattenwelt in die Lichtwelt zurückkehren kann, schickt er Agahnim aus, um die Nachfahren der sieben Weisen zu finden. Er soll sie opfern um so ein Portal zu erschaffen, das beide Welten miteinander verbindet. Agahnim überfällt die Burg von Hyrule, tötet den König und nimmt Prinzessin Zelda gefangen. Link muss zweimal gegen den bösen Zauberer antreten (einmal in jeder Welt) um ihn endgültig zu vertreiben und den Weg zu Ganon zu öffnen.

Weitere Auftritte hat Agahnim in Link’s Awakening und Oracle of Seasons.