Der Deku-Baum in Ocarina of Time ist der Wächter über die Kokiri und über ihren Wald. Außerdem hütet er den Kokiri-Smaragd, einen der drei Heiligen Steine. Navi wird von ihm zu Link geschickt, der bis dahin der einzige im Kokiri-Wald ohne Fee ist. Im Deku-Baum findet Link die Feen-Schleuder mit 30 Kernen, die zum Besiegen der Spinne Gohma benötigt werden. Nach dem Sieg über Gohma erhält Link vom Deku-Baum den Kokiri-Smaragd und er erzählt von der Gefahr, die Hyrule bedroht. Danach stirbt der Deku-Baum und ein Samen fällt aus seiner Baumkrone hinab. Nachdem Link den Waldtempel gemeistert hat, ist aus diesem Samen ein neuer Deku-Baum-Sprössling gewachsen.